ა(ა) იპ წმინდა გაბრიელ ეპისკოპოსის სახელობის წყალტუბოს სასულიერო გიმნაზიის მისიაა აღზარდოს გონებრივად , სულიერად და ფიზიკურად ჯანსაღი, მართლმადიდებლური ღირებულებების მატარებელი თაობა, რომელთაც შეეძლებათ ქვეყნის ინტერესების, ტრადიციებისა და კულტურის მიმართ საკუთარი პასუხისმგებლობის გააზრება. მათდამი პატივისცემის გაცნობიერება და ხელშეწყობა.
გიმნაზიაში არის უსაფრთხო და პოზიტიური სასკოლო-სასწავლო გარემო,სწავლა-სწავლებისთვის აუცილებელი ყველა პირობით. გიმნაზია ამზადებს მოზარდებს საზოგადოებაში საკუთარი ადგილის თვითდამკვიდრებისა და რეალიზაციისთვის.
გიმნაზიის სასკოლო საზოგადოება ღიაა და ურთიერთპარტნიორული თანამშრომლობისათვის მზადაა როგორც რეგიონის სხვადასხვა ტიპის ზოგადსაგანმანათლებლო დაწესებულებებთან, ისე მომავლის ხედვაა პარტნიორული ურთიერთობის დამყარება საზღვარგარეთის ქვეყნების სკოლებთან.
გიმნაზიის სასწავლო გეგმა ორიენტირებულია სასწავლო პროცესის ერთიანობაზე, მოსწავლეზე, მასწავლებლის პროფესიონალიზმზე, მიღებულ შედეგებზე და შედეგების დემონსტრირებაზე, იგი ახორციელებს ეროვნული სასწავლო გეგმის საგნების სწავლებას (სახელმწიფო სტანდარტს) და სტანდარტზევით საგნების ბლოკს.
გიმნაზიის ადმინისტრაცია გიმნაზიას მართავს მოქმედი კანონმდებლობითა და გიმნაზიის შინაგანაწესის მიხედვით.
